ロジカルシンキングとは、ものごとを構造的にとらえて、ＭＥＣＥに考えることが基本である。複雑なものをそのまま把握するは困難な場合に、対象となるものを分けて考えることで、ダブリやモレがないか確認するため、ピラミッド構造（ピラミッドストラクチャ）に捉える手法がとられる。イシューツリーは、解決策の仮説を検証する場合に用いられる。
すなわち、ある問題を複数の要素に分けて考える時には、通常ロジックツリーと呼ばれるが、それを解決するために立てられた仮説に対する問いかけ(イシュー)によって構成されるピラミッドストラクチャのことをイシューツリーと呼んでいるもので、「仮説を分解し整理すること」に用いられるピラミッドストラクチャがイシューツリーということになる。
したがって、その構造は、仮説を頂点として、その下に問いかけをツリー状にぶら下げていく。つまり、ピラミッドの頂点には仮説が据えられ、その下にイシュー（問いかけ）が並べられる。例えば、「付加価値生産性を高めるためには、デリバリーの改善が必要である」という仮説を立てたとすると、下位では、製造、配送、流通、顧客などが論点になる。
この中で、流通に問題があるという観点からすると、ドライバーのパフォーマンスについて検証してみる必要性が見えてくるから、デリバリーの「平均時間」を昨年と現在を比較してみることで、遅延発生の推移を把握できるであろうし、デリバリー時間の標準偏差（変動係数）を比較してみればバラツキの差が読み取れることになり、仮説を検証できる。
このようにして、主要な論点に分解してみることで、これを検証するための分析方法やデータの収集方法も明らかになってくる。イシューツリーを作るときは、一つ一つのイシューは出来るだけ短く、解りやすい言葉で書くことが鉄則である。また、上手くいかなかった場合には、ゼロからやり直すことが大切である。そして最後に矛盾はないか確かめる。
イシューツリーは、ものごとをロジカルに理解するためのロジックツリーよりも難しい。それは、仮説を立てること自体が難しい上に、「なぜ」を繰り返して突き止めることが目的であるためだからである。それに、ビジネスを取り巻く環境は日々変化しているので、仮説や情報収集、分析方法も進化すると考えなければならないから、仮説も常に更新される。